La Federación de Municipios de Puerto Rico se fundó en el 1968, bajo la dirección del entonces Alcalde de San Juan, Lcdo. Carlos Romero Barceló, junto a los alcaldes de Bayamón, Guillermo Campos Ayala; Guaynabo, Santos Rivera Pérez; Cataño, José “Pepe” Alvarez Brunet; y Fajardo, Osvaldo Molina. La Federación de Municipios, cuyo nombre fue cambiado en el año 1997, a Federación de Alcaldes de Puerto Rico; es una organización sin fines de lucro, que agrupa a todos los alcaldes del Partido Nuevo Progresista (PNP).

Su misión principal es servir de enlace entre los Municipios, el Gobierno Estatal, la Asamblea Legislativa, Agencias de Gobierno y las Agencias Federales.

Entre sus funciones está lograr una mejor y más eficiente coordinación entre los Municipios de Puerto Rico, velar por los intereses de sus miembros ante el Gobierno Estatal y Federal. Además, estimular y abogar por una mayor autoridad y/o poderes municipales, como es el caso de la Ley Núm. 81, aprobada el 30 de agosto de 1991, conocida como la Ley de Municipios Autónomos de PR.
Otra de sus funciones es asesorar individual y colectivamente a sus miembros.

La Federación de Alcaldes está dirigida por una Junta de Gobierno, seleccionada por sus miembros en elecciones internas cada cuatro años. La Junta nombra a un Director Ejecutivo. En la actualidad esa responsabilidad recae en la persona de Reinaldo Paniagua Látimer. El Presidente actual es el Alcalde de Guaynabo, Hon. Héctor O’ Neill García.

Al cumplir con las obligaciones que le impone tanto el Reglamento como las decisiones de sus miembros, La Federación se ha convertido en una entidad muy respetada en la Isla. Como grupo representativo de los alcaldes, es consultada por la Legislatura sobre proyectos de ley que, en alguna medida, estén relacionados con los Municipios.

Además, a través de conferencias de prensa y comunicados, la Federación deja sentir su opinión sobre asuntos de interés público y esa opinión, en la mayoría de los casos, es tomada en cuenta.

Por otro lado, la Federación provee a sus miembros asesoramiento técnico y legal. El técnico tiene que ver esencialmente con aspectos administrativos municipales como: presupuesto, informes del Alcalde a la Asamblea, personal, relaciones del Municipio con Agencias del Gobierno Central entre otras.

El asesoramiento legal cubre: aplicación de Ley Municipal y del Reglamento vigente, comparecencia a las Cortes de Justicia, cuando se violan los derechos de sus miembros; defensa judicial de Alcaldes por violaciones a la Ley Municipal u otras leyes relacionadas.